一、 冷卻水塔之例行消毒、清洗和人工去污，每年應實施二次。 
二、 冷卻水塔在下列情況下應實施清洗及消毒： 
(1) 在建築時，被灰塵或有機物等污染。 
(2) 曾被停止使用超過一個月(或醫院的冷卻水塔停止使用超過五天)。 
(3) 曾被機械性的改造或分解，而導致污染。 
(4) 在定期間隔時若周圍環境是多灰塵的或當地水之品質無法被控制。 
(5) 鄰近的冷卻水塔，與退伍軍人症之流行曾是有關聯的水源。 
三、 例行清洗和消毒的步驟： 
(1) 以含5mg／L自由氯及生物分散劑(biodispersant)的水循環六小時。 
(2) 讓冷卻水塔中的水漏光。 
(3) 冷卻水塔及水之輸送系統要以人工清洗水塔周圍和供水附件應適當清洗，清洗時避免用會產生太多水泡的方法，例如以高壓水噴洗。上述情形如無法避免時，應在無人時使用，如建築物內仍有人員，其門窗及空氣流通口應緊閉。清洗人員應有適當的訓練，工作時並應配帶合適的呼吸保護裝備，例如正壓呼吸器或整套的頭罩與工作服。 
(4) 重新注入清水並以含氯生物分散劑(biodispersant)的水重新消毒。 
(5) 在送風關閉的狀況下運轉六小時，並保持自由氯的濃度在5-15mg／L。 
(6) 再次漏光冷卻水塔中的水，並再次沖洗，重新注入清水，並添加適當的化學藥品，如殺菌劑。 
(7) 上述步驟完成後，始得重新運轉。